היישוב בית יצחק, על שם יצחק פוירינג, עלה על הקרקע בשנת 1939. היישוב, כפי שאנו מכירים אותו כיום, מורכב למעשה מאיחוד בין ארבעה יישובים שונים שעלו לקרקע בין השנים 1939 ל-1941: בית יצחק, גן חפר, נירה ושער חפר.

היישוב המקורי "בית יצחק" הוקם על ידי ייקים מערים שונות בגרמניה, שברחו מאימת השלטון הנאצי. לקראת סוף שנות ה-30 דחקו בהם מוסדות ההצלה בגרמניה והאירגונים הציוניים לנצל את ההזדמנות האחרונה ולעלות לארץ ישראל. הוצע להם לבחור בהתיישבות חקלאית ולהקים כפר שיתופי, שבו יהיה לכל אחד מהם בית ומשק קטן.

עם הזמן נוצר בין היישוב המקורי של בית יצחק לשלושת היישובים האחרים מנגנון של עזרה הדדית: המתיישבים החלו בגידולים חקלאיים משותפים, גן חפר התמזגה עם שער חפר והתרבו הקולות שדרשו מיזוג האגודות החקלאיות של בית יצחק ושער חפר. וכך, בנובמבר 1943 הוקמה "האגודה החקלאית השיתופית בית יצחק-שער חפר". יחד עם זאת, באותו שלב טרם נוצר איחוד מלא, ושני היישובים המשיכו להתעקש לשמור על ועדים מקומיים נפרדים.