נוסד בשנת 1940. מייסדיו, צעירים מתנועת "מכבי הצעיר" בגרמניה, עלו לארץ בשנת 1934. בשנת 1938 הקימו את קיבוץ כינורות ליד חדרה. בשנת 1939 עברו להתיישב  בחניתה תחתית. בשנת 1940 עברו למקומם הנוכחי. מקור השם, "פי מצובה", עיירה המוזכרת במשנה ובתלמוד, שרידיה הארכיאולוגיים מצויים בסמוך. אדמות מצובה נרכשו ע"י קק"ל מבעלי קרקעות בלבנון. בתחילה היו בעיות של קדחת, מחסור במים וקרקע, דבר שגרם לחיפוש כיווני פרנסה יחודיים, כמו גידול פטריות שמפיניון במערות, והקמת ביח"ר אריגה.
בשנת 1946 לאחר ליל הגשרים, ופיצוץ גשר אכזיב נאסרו חברים ממצובה, ונשלחה השלמה - גרעין של "מכבי הצעיר" מהונגריה, חבריו מהווים היום את הגרעין הגדול מבין ותיקי הקיבוץ בשנת 1947 חל מיפנה כלכלי, כאשר נמצאו מקורות מים נוספים. בכ"ט בנובמבר 1947 עם החלטת האו"ם על הקמת מדינה יהודית, נכללה מצובה בשטחה של המדינה הערבית.