הישוב הראשון בארץ שהוקם על ידי "פועלי אגודת ישראל". הוקם ברחובות ואחרי כן עבר לגדרה ו"קיבוץ נוער אגודתי" שהוקם באפריל 1934 בכפר סבא. רובם עלו לארץ ישראל מגרמניה ומרכז אירופה.

בתקופה הארוכה שקדמה לעלייה על הקרקע מצבם הכלכלי של שני הקיבוצים היה קשה. לא היתה להם קרקע חקלאית והם התפרנסו בעיקר מעבודות חוץ.

לאחר עשר שנים של המתנה, שבהן לא עמדה "אגודת ישראל" בהתחייבותה לספק לקיבוציה קרקעות להתיישבות או תמיכה כלכלית מינימלית, החליטו חברי הקיבוצים, לאחר התייעצות עם רבנים, להתאחד ולהתיישב באדמות הקרן הקיימת.

לקראת העלייה על הקרקע התאחדו שני הקיבוצים ועלו על הקרקע בסמוך לגדרה, במקום שבו שכן בעבר קיבוץ "שער הנגב".

לאחר מלחמת העולם השניה השתתפו חברים מהקיבוץ בפעילות עליה ב" לאחר מלחמת העולם השניה. אחרים פעלו במחנות המעצר בקפריסין. הקיבוץ קלט חברות נוער של ניצולי שוא

קיבוץ חפץ חיים היה לתופעה יחודית בנוף ההתישבותי בארץ ישראל. בקיבוץ נוצר טיפוס חדש של "חלוץ חרדי" המשלב עבודת אדמה, השכלה ושימוש באמצעים של חקלאות מודרנית, שמירת מצוות, לימוד תורה וחיים בחברה קיבוצית.

ענפי המשק העיקריים כיום הם: תעשיה (מפעל "בשמת" למגבונים לחים), חקלאות (לול, מדגרה, רפת, גדולי שדה), תיירות ופנאי (מלון כפרי, פארק מים, פינת חי, גן אירועים). בשנים האחרונות עבר הקיבוץ תהליכי הפרטה.