נקראת על שם יקנעם הקדומה המזוהה על פי התל הסמוך. זו הייתה עיר כנענית ששמרה על הדרך שהוליכה ממישור החוף, מהעיר דור (טנטורה) אל העמקים.

המושבה הוקמה בשנת 1935 על ידי 10משפחות של עולים מאירופה. את האדמות רכש יהושע חנקין מידי משפחת סורסוק מביירות. הרעיון היה הקמת מושבה (בלשון המקרא מושבות הוא לשון הרבים של מושב) שתעסוק בפיתוח הקרקעות החקלאיות שנרכשו עבורן. אולם הכפר הערבי "קירי" התנגד לפנות את הקרקע אותה עבדו כאריסים. אחת הדרכים להצר את דרכם של המתיישבים הייתה חריש בסמוך לגבול החלקות החקלאיות. כך לא ניתן היה לנקז את החלקות. כתוצאה מכך נטשו כמחצית מן המשפחות כבר בשנה הראשונה להתיישבות. הנותרים התקשו לעבד את אדמות המריבה ונאלצו למצוא את פרנסתן מחוץ למושבה.

בהמשך, בתקופת המרד הערבי 1936-1939 סבלו התושבים, שהיו אז ישוב ספר, ממספר התקפות של ערביי האזור.

בשנת 1940 החלה היציאה מן המשבר ונוספו משפחות נוספות. התושבים החלו להתארגן באגודת התיישבות.

לאחר מלחמת העצמאות הוקמה בתחום המושבה, מעברת עולים גדולה אשר ממנה צמחה העיירה יקנעם עלית. בשנות ה-80 החלו להגיע לכאן משפחות עירוניות. כיום רק קצת מן המשפחות עוסקות בחקלאות. רוב התושבים מתפרנסים מעבודות חוץ ונהנים מישוב בעל אופי כפרי.