הגיעו הימים של טרום מלחמת העצמאות. חברי עין-גב שקיימו קשרים הדוקים עם השכנים, היו בחתונותיהם, קיימו שרות רפואי לסביבה, טיילו ולמדו ערבית – החליטו להתכונן לרע מכל, למלחמה. היה ברור שאם תהייה מלחמה, תישא עין-גב המבודדת את גורלה לבד. נערכו הכנות מדוקדקות למצור ממושך. נחפרו תעלות ומקלט מרכזי. נאגר נשק במחתרת. אבל כל הזמן נמשך משא ומתן עם השכנים. כמה ימים לפני המלחמה עוד נשאו ונתנו עימם על בננות שנגנבו מן המשק.

בתחילת מלחמת העצמאות פנו הכוחות הסוריים לתקוף את עמק הירדן. לפי תכניתם, נראה שעין-גב הייתה צריכה ליפול לידיהם ללא קרב, כתוצאה מכיבוש העמק. בקיבוץ ניטש ויכוח על פינוי הילדים. אחרי לבטים ולאחר שהחלו לירות על הקיבוץ – פונו הילדים בסירות לטבריה ומשם הועברו לקיבוץ אלונים ולחיפה.

עם כישלון ההתקפה על עמק הירדן החליטו הסורים להתרכז בהתקפה על עין-גב. מאות חיילים סגרו עליה מכל עבר. מההרים היו צליפות ועליהם ישבו מאות, כבאצטדיון רומאי, לראות את הקרב. "חשנו עצמנו כגלדיאטורים היוצאים להילחם באריות, כשהצופים משחרים למחזה מלהיב", כתבו החברים ביומן הקרבות. הקרב היה כבד. הכוחות הסוריים כבשו עמדה ליד מגדל המים. בהתקפת הנגד נהרגו כמה מחברי הקיבוץ. עין-גב החזיקה מעמד, וביום האחרון למלחמה יצאה יחידה מחבריה וכבשה את הר סוסיתא המשקיף על הנקודה.

תקופת מלחמת העצמאות הסתיימה בהרס גדול של בנייני הקיבוץ, בהתמוטטות של המשק ובאבל כבד על החברים שנפלו. היה צריך להתחיל מחדש. השיבה הביתה של הנשים והילדים הייתה אירוע  שנחרט בלב כולם. עבר זמן רב עד שהגיעו להסכם שביתת הנשק עם הסורים. עין-גב הפכה לאזור מפורז. הדרך אליה אף היא הייתה איזור מפורז. לחברים הייתה תחושה החמצה, שאל המנוחה ואל הנחלה לא באו. בן-גוריון בא להסביר, אך התחושה הכללית הייתה שעין-גב הפכה לקיבוץ ספר.
 
השיבה מן המלחמה, המחלוקות הפוליטיות העזות והשינויים שהתחוללו בארץ הביאו את התנועה הקיבוצית למשבר. עין-גב חשבה בתחילה כי מכת הפילוג תפסח עליה, אך לא כך היה. כ- 70 חברים עזבו לקיבוץ גינוסר.

היו שעזבו את הקיבוץ, החברה בעין-גב חשה פצועה וחלשה. מלאכת השיקום לאחר הפילוג הייתה קשה. הימצאה של עין-גב על הגבול זיכרונות העבר לא הספיקו וקינן חשש לגורל המקום. רק שנתיים אחרי הפילוג הגיעה לעין-גב קבוצת צעירים, בוגרי תנועת הנוער ובתי ספר חקלאיים, שהחליטה להישאר במקום. בסוף שנות החמישים הגיעו לעין-גב קבוצות גדולת של חברים ושינו את הנוף האנושי. רבים מהם עזבו את המקום לאחר כמה שנים, אך בכל זאת נוצרה בעין-גב חברה רב גילית ורב גונית.

 (מקור:  צור, מוקי, "עין גב על ים כנרת", מתוך: ענר, זאב (עורך), סיפורי קיבוצים סיפורם של ארבעים קיבוצים, תל-אביב 1998.)