עשר המשפחות שנענו לקריאת אגודת "בני בנימין" של התאחדות האיכרים להקים נקודת התיישבות בעמק חפר היו למתיישבים הראשונים של היישוב "גן חפר". שמו של היישוב ניתן לו על ידי הגיאוגרף וההיסטוריון הישראלי זאב וילנאי, שבביקורו הראשון במקום הצהיר בפני המתיישבים כי "על חולות אלה עוד יצמחו גנים פורחים".

מרבית המשפחות היו דור שני לאיכרים מפתח תקווה, ראש העין, יסוד המעלה, נתניה ויישובים נוספים. השאר היו יוצאי רוסיה, פולין וליטא – ואפילו משפחה תימנית אחת. כולם היו דוברי עברית, וגילאיהם נעו בין 25 ל-35 שנים. בימיהם הראשונים בגן חפר התגוררו המתיישבים בבתים קטנים ובתנאים קשים ועבדו בעיקר בעבודות חוץ שונות – פועלים בבניין, בפרדסים ובבתי אריזה באזור.
בתיה הראשונים של גן חפר נבנו בשנת 1939 על ידי החברה המיישבת "בני בנימין" באמצעות "חברת הנוטע", ובשנת 1940 נכנסו המתיישבים הראשונים לבתיהם. בתים אלו ממוקמים עד היום בצידה הצפוני של דרך שער חפר. לכל משק הוקצו 16 דונמים, שבהם החלו לגדל ירקות ולנטוע פרדסים. המתיישבים אף הקימו אגודה חקלאית בשם "שפע" ו-ועד מקומי שהשתייך למועצה האזורית עמק חפר.
לימים, כשהתברר שרבים מהנרשמים ליישוב החדש ויתרו בסופו של דבר על כוונתם להתיישב בו, פנתה חברת "רסקו" לאגודת "בני בנימין" וביקשה לרכוש אדמות אלו במטרה להקים יישוב חדש לעולי צ'כוסלובקיה. בשנת 1942 חדלה גן חפר להתקיים כיישוב עצמאי והתמזגה כרשות מקומית עם שער חפר.