למרות שאנשים סבורים שמקור שם הכפר בציפור השיר, גבתון, ספק רב הוא אם ראשוני כפרנו הכירו את הציפור הזו. בארץ מספר מיני גבתון, ומעטים מהם מזדמנים לכפרנו.
המקור הלשוני של שמנו הוא: גבעה קטנה - גבעתון. מקור השם מהמלה הערבית קובבה - שמו של כפר ערבי גדול למדי ששכן על גבעות כורכר במקום שהיום נמצאת שכונת כפר גבירול. קובבה בערבית היא גבעה קטנה, בקיצור - גבעתון - או גבתון.

בשנות השלושים, ועדת השמות של הועד הלאומי הניחה על פי פרוש מילולי זה כי בקובבה היה מקומה של עיר מקראית בשם גבתון. בינתיים למדו חוקרי הארץ והמקרא כי גבתון המקראית מצויה במקום אחר... לפיכך, שמנו - בטעות מקורו...
אך גם בזאת לא תם המסע להבנת שמנו. קראו נא את הפסוק הבא מתקופת המשנה (מסכת ראש השנה ב' ט'): "מעשה בר' יוחנן ברודא ור' אלעזר חסמא שבאו מיבנה ללוד והקבילו פני יהושע בפקיעין"
על פי המתואר בפסוק זה, פקיעין של ימי המשנה היתה בין לוד ליבנה. תאור זה מתאים לקובבה, ואפשר להניח שהשם הערבי הוא שיבוש של המקור העברי. הממצאים הארכיאולוגים מחזקים טענה זו.